回族大批迁来焉耆是清朝统治者实行残酷的民族压迫和歧视政策的结果。清政府为了分化、统治回民,它挑拨了民族关系导致了民族仇杀。迫使回民举起义旗反抗清廷,光绪三年 (一八七七年) ,陕西渭南回民起义领袖之一白彦虎在清军追击下, 进行殊死战斗,终于失败。清政府把流落在新疆各地起义回民万余人,截来安抚在喀拉沙(焉耆)。

     公元一八九四年 (光绪二十年)青海回民马骥等人率领数万群众反对清政府残酷的民族压迫和繁重的苛捐杂税而举行起义。但不久起义失败,义军走敦煌西北进昌马儿山,受尽饥寒之苦死去不少人。辗转到罗布卓尔附近。义军首领被俘,群众数千人被安抚,先安置在尉犁、蒲昌一带,后转至铁干里克。 公元一九O三年(光绪二十九年)焉耆知府刘嘉德把这些回民迁到府城外开都河南岸、官办马草场一带,被命名为 "抚回庄”到四千七百多人,垦荒数万亩。随后关内来焉耆谋生回民也陆续来此落户。 民国以来随马仲英入疆的回民士兵也部分留在焉耆。目前,回民居住比较集中的是焉耆镇、永宁镇、北大渠乡、五号渠乡。共同居住在焉耆地区的有维 吾尔族、蒙古族、汉族。长期以来并犁而耕。放牧经商亲如一家,彼此协助, 取长补短,对本地区的开发做出了很大的贡献。